Kaynaştırma bütünleştirme yoluyla eğitimlerine devam kararı alınan özel eğitim gerektiren öğrenciler için geliştirilmesi zorunlu olan uygulama o öğrenci ve ailesine yönelik olarak  Bireyselleştirilmiş Eğitim Programının (BEP) hazırlanmasıdır. 

Özel eğitim hizmetleri yönetmeliğinde Bireyselleştirilmiş Eğitim Programı: “Özel eğitim ihtiyacı olan bireylerin takip ettikleri program esas alınarak gelişim özellikleri, eğitim ihtiyaçları ve performansları doğrultusunda hedeflenen amaçlara ulaşmaya yönelik hazırlanan ve bu bireylere verilecek destek eğitim hizmetlerini de içeren özel eğitim programı” olarak tanımlanmıştır.

Bu tanımda söz edildiği gibi öğrencinin şu anki sınıfındaki diğer öğrencilerin takip ettikleri program hangi program ise öğrencinin BEP hazırlanırken bu program esas alınarak hazırlanacaktır. Buna göre öğrencinin bulunduğu sınıftaki program amaçlarına göre hazırlanacak değerlendirme araçlarıyla öğrencinin var olan performans düzeyi ve buna göre eğitim ihtiyaçları belirlenmelidir. Bu belirleme sonucunda öğrencinin BEP’i hazırlanmış olacaktır. 

Kaynaştırma/bütünleştirme yoluyla eğitim uygulamasına yerleştirilmiş her öğrenci için BEP hazırlanması yasal bir zorunluluktur. BEP bireyin tüm gelişim alanlarında ve izlemesi gereken programdaki halihazırdaki performansı ve temel gereksinimleri göz önünde bulundurularak ayrıntılı bir değerlendirme süreci sonunda hazırlanır. Her öğrenciye uygun BEP diye bir kavram yoktur. Bireye, farklı gelişim alanlarından kazandırılması planlanan beceri ve davranışların ölçülebilir uzun dönemli ve kısa dönemli amaçlar olarak yazıldığı, öğretmen, bireyin gereksinimleri ile ilişkili uzmanlar, aile bireyleri ve bireye yakın kişilerden oluşan bir ekibin birlikte karar vererek hazırladığı bu programa “bireyselleştirilmiş eğitim programı (BEP)” adı verilir.

BEP özel gereksinimli bireyin öz-bakım, akademik beceriler, sosyal beceriler, iletişim v.b disiplin alanlarında eğitsel gereksinimlerini karşılamak üzere uygun eğitim ortamlarından (genel eğitim okulu, özel eğitim okulu, özel sınıf, mesleki eğitim merkezi, v.b) ve destek hizmetlerden (destek eğitim odası, sınıf-içi yardım, dil ve konuşma terapisi, fiziksel rehabilitasyon v.b.) nasıl yararlanacağını gösteren yazılı ve yasal dökümandır. Bu doküman aile, öğretmen ve ilgili uzmanların işbirliği ile planlanır ve bireyin ailesinin onayı ile uygulanır. BEP; özel gereksinimli öğrencilerin eğitiminden sorumlu olan aile, öğretmen ve diğer ekip üyelerine yardımcı olan bir araçtır.